Type de diplôme : Diplôme d'université

DU Bioinformatique intégrative (DUBii)

Domaine : Sciences, Technologies, Santé

  • Niveau d'études visé

    BAC +5
  • Composante(s)

Présentation

La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l’analyse de données de nature extrêmement diverses : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d’interactions. Ces différentes approches fournissent chacune une perspective sur des composantes spécifiques des cellules. Cependant, la compréhension des processus biologiques nécessite de pouvoir extraire les informations pertinentes à partir de ces différents jeux de données, pour ensuite les intégrer et les interpréter en utilisant des modèles intégratifs. L’appropriation par des biologistes des méthodes et outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service. Le DU en bioinformatique intégrative s’adresse en priorité à des biologistes en demande d’évolution ou de reconversion professionnelle. Ce DU fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d’immersion sur une des plateformes régionales de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), dans le cadre d’un projet tutoré. Ce stage pratique consistera à mobiliser les méthodes et outils appris pendant les enseignements pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative, en combinant des données propres à chaque participant produites dans son laboratoire et/ou collectées à partir de bases de données publiques (principe BYOD : “Bring Your Own Data”).

Savoir-faire et compétences

  • Maîtriser l’environnement informatique en ligne de commandes (Unix) 
  • Gérer la parallélisation des tâches ; développer des scripts en Python et en R.
  • Concevoir et mettre en oeuvre des workflows d’analyse combinant des données de natures diverses afin d’extraire les informations pertinentes et d’en dériver une interprétation intégrative.
  • Connaître et utiliser les ressources matérielles et logicielles déployées par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB).

 

Niveau d'études viséBAC +5

Niveau d'entréeBac+3

Public(s) cible(s)

  • Responsable entreprise
  • Demandeur d’emploi
  • Salarié - Profession libérale

Formation à distanceNon

Nature de la formationDiplôme

  • Validation des Acquis de l'Expérience : Oui
  • Organisation

    Organisation de la formation

    DURÉE DE LA FORMATION : 268 heures

    DATE : du 2 mars 2020 au 26 juin 2020 (soutenance comprise)

    TARIFS : avec financement entreprise/organisme : 4000 € TTC (TVA 0%) + droits d'inscription en vigueur

                     avec financement individuel : 1800 € TTC (TVA 0%)+ droits d'inscription en vigueur

                     avec financement Pôle Emploi : 1500 € TTC (TVA 0%) + droits d'inscription en vigueur

    LIEU DE FORMATION : Site Université Paris Diderot - UFR Sciences du vivant- Bâtiment Lamarck B 35 rue Hélène Brion 75013 Paris

    CAPACITÉ : 15 stagiaires

    La formation cumule  128h de cours théoriques et pratiques dont 32h en distanciel, 140h de stage sur plateforme de bio-informatique à l'IFB dont un projet tutoré. Une soutenance s'effectuera à la fin de la formation.

    Enseignements théoriques et pratiques : 4 semaines (du 2 mars au 2 avril 2020) en 4 sessions de 4 jours (du lundi 10h00 au jeudi 16h00), avec une semaine d’interruption du 16 au 20 mars 2020.

    Projet tutoré - stage : 20 jours (entre le 6 avril et 6 juin 2020)

    Soutenance : 25 et 26 juin 2020

    Les cours-TP bénéficieront d’un double encadrement. L’apprentissage de la programmation sera proposé par une approche piscine (immersion immédiate dans la pratique, très peu de théorie, rythmes adaptés à chacun).

    L'enseignement est organisé en 7 modules :

    • Environnement Unix
    • Initiation à la programmation et manipulation de données biologiques en Python
    • Analyse statistique avec R
    • Production des données à haut débit et sources de données pour la biologie intégrative
    • Méthodes et outils bioinformatiques pour l’analyse des données à haut débit
    • Bioinformatique intégrative
    • Projet tutoré

     

    Stages

    Le projet tutoré débutera en amont de la période d’enseignement (identification et préparation par les apprenants des données pertinentes, validation du projet par les tuteurs), se poursuivra pendant les semaines de cours (ateliers d’élaboration conceptuelle des workflows), et s’achèvera par un stage d’un mois en immersion sur l’une des plateformes régionales de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB).

    Admission

    Sont autorisés à s'inscrire

    Techniciens et ingénieurs de la recherche, post-doc, chercheurs, enseignant-chercheurs, doctorants (si prise en charge des frais de formation par l’employeur) du secteur public et du secteur privé.

    Pré-requis

    Niveau Licence de biologie minimum (ou équivalent via l’expérience professionnelle). Ayant déjà acquis des compétences (formation courte, auto-apprentissage, expérience de terrain) en informatique ou bio-informatique/biostatistique (environnement Unix, Python ou R ou autre langage de programmation) avec des jeux de données identifiés à analyser et à interpréter dans un contexte de bio-informatique intégrative. La sélection des candidats se fera sur dossier avec éventuellement un entretien oral.

    Contact(s)

    Composante(s)

    Lieu(x) de la formation

    • Université Paris Diderot
    • Responsable pédagogique
      Bertrand Cosson

      Tél : 0157278966

      Email : bertrand.cosson @ univ-paris-diderot.fr

    Contact(s) Formation Continue

    • Francoise Peuvion-Chalaux

      Tél : 0157278234

      Email : fcsdv @ univ-paris-diderot.fr

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